■オープニング
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■大江戸南町
瓦版屋の前にいるネコに話しかける
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魚屋でにぼし（1両）かアジの開き（10両）かトロ（100両）を買って瓦版屋の前にいるネコに話しかける
※タコ（10両）を買って話しかけた場合はゴエモンの体力が回復するだけでイベントは進まない
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親方の家にいるおかみさんに話しかける
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物知り爺さんの家の前にいる物知り爺さんに話しかけ手形（西）を入手
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■大江戸北町
大手門の前にいる親方に話しかける
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西門の前にいる右の門番に話しかける
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■東海道・東
※通過マップ
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■トンガリ村
小ボス：トンガリ（全7匹）
居場所は、村の入口（2匹）、左手前の民家の裏、右奥の民家の中、右奥の民家の裏、奥の井戸、見張り台
雑魚と殆ど変わらないので簡単に倒せる
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洞窟の中にいる村長に話しかける
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村長の家にいる村長に話しかけ風斬りの刃を入手
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■東海道・東
※通過マップ
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■風守の砦
小ボス：かまいたち兄弟（全2匹）
まっすぐ突っ込んでくるのでタイミング良く攻撃
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中ボス：怒愚人
少し距離を取りつつ背中を攻撃していれば土鍋からのレーザー以外の攻撃は食らわない
土鍋からのレーザー発射前には光と効果音で知らせてくれるので確実に避ける
ボスのHPが少なくなると旋回速度が上がって背後を取り続けるのが難しくなるので正面から隙を見つつ頭を攻撃した方がいいかもしれない
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雷剣を入手
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■白虎の座
白虎と会話
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■東海道・東
コトラと会話
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■大江戸南町
物知り爺さんの家の前にいる物知り爺さんに話しかけ手形（東）を入手
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■大江戸北町
東門の前にいる右の門番に話しかける
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■東北林道
※通過マップ
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■環状列石
ハニワ兵を全て倒し忍者に捕まり雷剣を没収される
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■（忍者砦）
忍者をロックオンして○ボタンで牢屋の鍵を手に入れると牢の鍵を開ける事ができる
※捕まると牢屋の鍵は没収される
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盗賊親分の牢の鍵を開ける
※開けずに進もうとすると捕まる
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忍者に見つからないように進む
※最初の分かれ道を左へ進むと雷剣を取り返す事ができるが捕まる度に没収される
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石をロックオンして○ボタンでシーソーの傾く速度が遅くなりジャンプが届くようになる
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■東北林道
ヤエと会話しヤエの忍者刀を入手
※雷剣を所持していない場合は返してくれる
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■青森の岬
桟橋にいる鬼頭に話しかけ北海道に渡る
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■北海の漁村
※通過マップ
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■（マタギの村周辺）
ハクランと会話
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■赤目の谷
中ボス：古代ハシラ
4つのスイッチを押すと出てくる氷の塊に乗って攻撃
口から冷凍ビームはジャンプで飛び越える
目から光球は横に避ける
目からレーザーはジャンプで避ける
ボスのHPが少なくなると目からレーザーの軌道が読みにくくなるので良く見て避ける
氷の塊が出ていない状態でボスの近くにいると物凄い勢いでダメージを受けるので無理せず少しずつ攻める
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■凍らない湖
地の竜と会話し忠義の狼犬を入手
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■（マタギの村周辺）
道託和尚の前にいるキラに話しかけ三の雪兎と光の牙を入手
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竜牙石を調べる
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■大江戸城内
※通過マップ
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■（秘密基地）
物知り爺さんと会話し雷剣を没収される
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■大江戸北町
※大江戸南町の親方の家にいる親方とおかみさんに話しかけた後で武器屋にいるアバンギャルドな鍛冶屋に話しかけるとキセルを入手する事ができる
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■東海道・東
※通過マップ
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■東海道・中
関所の前にいる右の役人に話しかける
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■（ムシバアの家周辺）
ムシバアの家にいるムシバアに話しかけバナナ2本を入手
※落下するとバナナは没収される
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2つの立て札を調べてバナナを置く
※1つ目の立て札を調べていないと2つ目の立て札を調べる事はできない
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■猿の腰掛け
紅猿と会話し桃源の雫と三尾猿を入手
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■東海道・西
エビス丸と会話し借金額を聞く
※借金額はこの時点での所持金+1000両（最大9999両）になる
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茶屋にいる男に話しかけ借金を肩代わりし鏡を入手
※キセルを所持していない場合は茶屋を出ると飛脚が届けてくれる
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■明日香遺跡
蛇の形をした岩の眼を調べ鏡をはめる
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亀の形をした岩を調べ水を汲む
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ザラザラした床を調べ水をかける
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■古代遺跡
玄牛と会話し山岳牛車を入手
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天馬と会話し天馬矢羽根を入手
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中ボス：玄武
頭を攻撃すると赤くなって欠伸で攻撃してくるのでボスの周りを回って逃げる
取り巻きは放置しても問題ない
時間が経てば元に戻るのでまた頭を攻撃
ボスのHPが少なくなると欠伸の旋回速度が上がるので逃げ切れない時は二段ジャンプで飛び越える
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■東海道・西
※通過マップ
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■大坂町
めし屋にいるエビス丸に話しかけ鏡を返し手形（大坂）を入手
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西門の前にいる男に話しかける
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■山陽山陰
※通過マップ
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■松の荒れ寺
寺の中にいる和尚に話しかける
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寺の裏でクニマツの剣舞を見る
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離れにいるクニマツに話しかけ手形（出雲）を入手
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■山陽山陰
※通過マップ
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■出雲城下町
門の前にいる右の男に話しかける
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■（松ヶ月城）
春の鍵を手に入れると扉が開く
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小ボス：蟹（全6匹）
部屋に入らなければ戦わずに進めるが入ってしまうと倒すまで出られない
口の中に花火爆弾を投げ込めばダメージを与える事ができるが衝撃波使用中は効かない
衝撃波は二段ジャンプと壁キックで飛び越える
周りにある宝箱はボスを倒さなければ無限に花火爆弾を吐き出すので好きなだけ入手する事ができる
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夏の鍵を手に入れると扉が開く
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秋の鍵を手に入れると扉が開く
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冬の鍵を手に入れると扉が開く
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特ボス：トラノオウ（1回目）
攻撃を避けながら天守閣の頂を目指す
ルートを覚えて素早く走り抜ければ殆どの攻撃は回避できる
行き止まりはボスに鉄球で壁を倒してもらう
封と書かれた石を叩いて吊り天井を下ろし外に出れば終了
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草薙の剣を入手
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■荒神谷
草薙の剣を没収される
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イノブノタケルと会話し怒魂羅漢を入手
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■出雲城下町
小ボス：悪霊
大きな民家の中に出現している
右の部屋にある行灯を叩き影の映った障子を攻撃すれば倒せる
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■安芸の村
桟橋にいる港職人に話しかける
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■出雲城下町
大きな民家の縁側にいる男に話しかける
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■安芸の村
桟橋にいる港職人に話しかけ四国に渡る
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■伊予の村
※通過マップ
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■（竜水石周辺）
竜水石を調べる
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■讃岐の里
※通過マップ
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■竜河洞
中ボス：河太郎
水に潜って湖底に生えている草の実を取りに行く
盗賊親分達が投げ込む石を掴めば素早く潜る事ができる
水に潜っている最中は泡に触れれば酸素ゲージを回復できる
ボスに食べられてもダメージは受けないが別の場所に吐き出されるので急いで泡の方向を確認し酸素ゲージを回復する
浮き草の実を掴んだらボスに近付いてわざと食べられる
ボスの体が浮かんだら水面に出て頭を攻撃
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河太郎と会話し草薙の剣を取り返し竜爪流水と隠蛇の道を入手
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■伊予の村
桟橋にいる盗賊親分に話しかけ九州に渡る
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■日向の隠れ里
※通過マップ
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■（竜炎石周辺）
竜炎石を調べる
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■シャーマン村
※通過マップ
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■阿蘇の火口
入口にいるガンガラに話しかけ桃源の雫を渡す
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中ボス：クジャクラ
溶岩に落ちるとボスに与えたダメージがリセットされる
隙ができた時に安全に確実に頭を攻撃
火球を攻撃して跳ね返すとボスが行動不能になるので攻撃のチャンス
扇を畳んだ時も無防備になるので攻撃のチャンス
扇飛ばしは二段ジャンプで飛び越える
連弾はある程度引き付けてから横に避ける
ボスのHPが少なくなると連弾の追尾性能が上がり横移動だけでは避け切れなくなるので横移動で引き付けてから二段ジャンプで飛び越える
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朱雀と会話し不死炎鳥を入手
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入口にいるオロチと会話
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■日向の隠れ里
桟橋にいる盗賊親分に話しかけ南海の遺跡に渡る
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■南海の遺跡
※通過マップ
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■南海大帝の祭壇
オロチと会話
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■（霞乃帝國・前）
※通過マップ
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■照準の間
※通過マップ
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■（霞乃帝國・後）
中ボス：トラノオウ（2回目）
隙を見つつ頭を攻撃
独鈷飛ばしは横に避ける
雷球は距離を取って横に避ける
独鈷を全て倒すと独鈷飛ばしは使えなくなり雷球の代わりに鉄球で攻撃してくる
鉄球は距離を取らなくても回避できる
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トラノオウと会話し砲号の影虎を入手しキセルが雷電のキセルに変化する
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盗賊親分と会話し陰陽の羊を入手
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■次元双竜門
大ボス：シシノオウ
砲号の影虎を使うと動きが遅くなるので頭を攻撃しまくる
砲号の影虎を使っていてもボスの攻撃を回避するは難しいので小まめに回復アイテムを使いながらゴリ押しする
顔からレーザーだけは馬鹿みたいに攻撃力が高いので素早くレーザーの外に出てダメージを抑える
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砲号の影虎を没収され雷電のキセルがキセルに戻る
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■エンディング